Заповедник вошел в число 7-ми модельных территорий России, в которых за счет средств федерального бюджета реализуют новую концепцию развития экологического туризма. Главная идея пилотного проекта – развитие туризма через сохранение природы.

Сейчас уже построена станция мечения птиц, завершено строительство двух экологических троп общей протяженностью 2 километра. Одна из них – кедровая аллея, другая ведет к знаменитым верховым болотам и идет вдоль подножия Хамар-Дабана. Дороги оборудованы деревянными настилами, что позволяет путешествовать по ним туристам с ограниченными возможностями.

Программа развития экологического туризма в Байкальском заповеднике на 2011—2013 годы предусматривает комплекс мероприятий, который включает природоохранную, научную и просветительскую деятельность.  По словам директора заповедника  Василия Сутулы, для  развития экотуризма в ближайшие годы должны организовать инфраструктуру для показа зверей и птиц, в этом наше главное отличие от других видов туризма, туризм не должен вредить природе. Организация туристической инфраструктуры предполагает строительство экологических троп, новых визитных центров, организацию сети маршрутов. Здесь же появятся смотровые площадки для наблюдения за животными, гостевые домики, летние душевые с солнечными коллекторами.